EURExpress
Im großen europäischen Forschungsrojekt
EURExpress (Förderung im Rahmen des 6. Forschungsrahmenprogramms durch die EU), an dem u. a. das frühere MPI für experimentelle Endokrinologie in Hannover, initiiert durch Professor Eichele, und das MPI für molekulare Genetik in Berlin beteiligt sind, werden an verschiedenen Standorten in Europa große Mengen von Schnitten durch Mausembryonen erzeugt und die Aktivität von Tausenden von Genen in diesen Schnitten durch molekularbiologische Methoden sichtbar gemacht. Als Ergebnis entstehen mit Hilfe von automatisierten Mikroskopieverfahren große Mengen hochauflösender digitaler Bilddaten, die zur GWDG transferiert, dort weiterverarbeitet und gespeichert werden. Wichtigstes Ziel des Projekts EURExpress ist die Erstellung eines Internet-basierten Expressionsatlasses für das Genom der Maus, d. h. eine Kartierung der Aktivität der einzelnen Bestandteile des Erbguts.
Im Rahmen des Vorläuferprojekts Genepaint, das vom MPI für experimentelle Endokrinologie in Hannover durchgeführt wurde, wurden dazu bereits automatisierte Verfahren zur Genexpressionsanalyse entwickelt und erprobt. Außerdem wurde eine Web-Datenbank (
Genepaint) entwickelt, die es ermöglicht, die Bilddaten der wissenschaftlichen Gemeinde zugänglich zu machen. Eine weitere Verwendung der Bilddaten ist die Darstellung in der Datenbank des European Renal Geneome Project (
EuReGene).
Aufgabe der GWDG innerhalb des Projekts Genepaint war der Betrieb der Server, die zum Transfer der anfallenden Bilddaten nach Göttingen und zur Darstellung und Realisierung von Recherchemöglichkeiten in den gewonnenen Bilddaten notwendig sind. Diese Dienstleistungen werden auch im Nachfolgeprojekt EURExpress weiter zur Verfügung gestellt.
Die am Projekt EURExpress beteiligten Institute liefern Daten, die von der GWDG verwaltet werden. Die Bilddaten werden über das Internet übertragen und auf den Platten und Bändern der GWDG gespeichert. Die übertragenen TIF-Daten werden für die Anzeige auf einer Website und für ein virtuelles Mikroskop in verschiedene Bildformate konvertiert. Diese zentral bei der GWDG durchgeführte Konvertierung läuft automatisiert mithilfe des Batchsystems "Condor" ab. Damit wird der Arbeitsaufwand in den beteiligten Instituten deutlich reduziert, und die Einhaltung von Standards bei der Bildkonvertierung gewährleistet. Um die Qualität der Daten zu gewährleisten, werden für die Prüfung des Transfers und der Konvertierung automatisierte Prüfroutinen eingesetzt. Zu Beginn der Projektphase wurden wöchentlich ca. 200 GByte Bilddaten geliefert, inzwischen hat sich das Datenvolumen auf 5 GB pro Woche reduziert. Der Datenbestand umfasst derzeit ca. 35 TByte an TIF-Daten, hinzu kommen ca. 5 TByte an konvertierten Bildern im FlashPix-Format sowie ca. 105 GByte im JPEG-Format.
Als Spin-off aus diesen Betätigungen hat sich das Projekt METscout entwickelt, das Daten aus GenePaint und EURExpress in den Zusammenhang metabolischer Netzwerke einordnet und über eine unabhängige, stark erweiterten Webapplikation der wissenschaftlichen Öffentlichkeit zur Verfügung stellt. Unter der Ägide von Professor Eichele wurde mit diesem Projekt die fruchtbare wissenschaftliche Zusammenarbeit zwischen dem MPIbpc und der GWDG fortgesetzt und weiter finanziell gefördert.

