Die GWDG hat eine lange Tradition in der Bereitstellung von Supercomputing-Ressourcen für Forscher und Studierende der Universität Göttingen und der Max-Planck-Institute. Das Scientific Compute Cluster (SCC) wird fortlaufend durch Förderanträge und Subsysteme von Forschungsgruppen erweitert und verbesstert.

Darüber hinaus betreibt die GWDG zwei Supercomputer für unterschiedliche Nutzergruppen. Seit 2018 betreibt die GWDG das Tier-2-System Emmy (HLRN-IV). Seit Oktober 2020 ist die zweite Phase in Betrieb, die einen Umzug in ein modulares Rechenzentrum notwendig machte. Seit 2021 sind die GWDG und die Universität Göttingen eines von acht Zentren für Nationales Hochleistungsrechnen (NHR-Zentren) bundesweit, so dass Emmy ein NHR-System ist, welches weiterhin für die nördlichen Bundesländer des HLRN betrieben wird.

Im Juni 2018 haben die Universität Göttingen, das Deutsche Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) und die GWDG eine Absichtserklärung über eine engere Zusammenarbeit in der rechen- und datenintensiven Forschung unterschrieben. Die HPC-Ressourcen des DLR sind nun auf zwei Standorte verteilt: einen in Dresden und einen in Göttingen.